En polymorfism (överflyttningen) vid en viss bas webbplats i en kodande sekvens, t.ex. vid grunda 306 i en viss gen, en individ kan vara heterozygous för A och G: mödrar allel kan ha ett A på denna plats, medan farfar allelen har ett G på den här webbplatsen. Denna typ av polymorfism är omfattande i hela genomet, och har den stora fördelen att upptäckas utan behov av gelelektrofores, som öppnar vägen för omfattande automatisering av genotypning.