ஒரு வகை II வரையறை endonuclease என்று binds (மற்றும் பின்னர் cleaves) டிஎன்ஏ தளங்கள் என்று தனியாக ஆகியவற்றால் அங்கீகரிக்கப்பட்டுள்ளது அந்த நொதி, ஆறு nucleotide ஜோடிகள் வரிசைமுறை வேண்டியது. எந்த ஆறு அடித்தளத்தை வரிசை முறை குறைவான அடிக்கடி மூலம் எந்தவித நான்கு அடித்தளத்தை வரிசை முறை விட வாய்ப்பு நிகழ்கிறது, ஏனெனில் ஆறு-தளம் cutters cleave குறைவான அடிக்கடி விட நான்கு-தளம் cutters வேண்டாம். இவ்வாறு , ஆறு-தளம் cutters உருவாக்க பெரிய fragments விட நான்கு-தளம் cutters.