ஒரு வகை II வரையறை endonuclease என்று binds (மற்றும் பின்னர் cleaves) டிஎன்ஏ தளங்கள் என்று தனியாக அந்த நொதி அங்கீகரித்துள்ளன உள்ளது, நான்கு nucleotide ஜோடிகள் வரிசைமுறை வேண்டியது. ஏனெனில் எந்த நான்கு அடித்தளத்தை வரிசை முறை அடிக்கடி மூலம் விட எந்த ஆறு அடித்தளத்தை வரிசை முறை வாய்ப்பு ஏற்பட்டால், நான்கு-தளம் cutters cleave அடிக்கடி விட ஆறு-தளம் cutters வேண்டாம். இவ்வாறு , நான்கு-தளம் cutters உருவாக்க சிறிய fragments விட ஆறு-தளம் cutters.