ஒரு nucleotide வரிசை முறை - பொதுவாக, 4, 6 அல்லது 8 nucleotides - என்று அறிய மூலம் மற்றும் ஒரு வரையறை endonuclease (வரையறை நொதி) எந்த binds இசையமைக்கப்பட்ட. வகை II (அந்த மரபணு-cloning பரிசோதனைகள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன) வரையறை செரிக்கும் இது எந்த எல்லைக்குள் நொதி மேற்பூச்சாக வெட்டி (மற்றும் அவற்றின் ஒப்பான செரிக்கும் methylate) வரிசைமுறை, டிஎன்ஏ, வகை II செரிக்கும்,-அதாவது அறிதல் தளம் மற்றும் இலக்கு தளம் ஆகியவை ஒரே வரிசை முறை. செரிக்கும் நான் தட்டச்சு அவர்களின் அங்கீகாரம் தளத்துடன் கட்டுவதற்காக மற்றும் பின் வெளியே அந்த அறிதல் தளம் சில அதிக அல்லது குறைந்த ஏதாவது ஒரு இடத்தில் டிஎன்ஏ cleave.