วิธีการลำดับเบสยาว (> 1 kb) cloned ชิ้นส่วนของดีเอ็นเอ ต้นลำดับปฏิกิริยาพบว่า ลำดับของนิวคลีโอตัวแรกไม่กี่ร้อยไทด์ของดีเอ็นเอโคลน โดยข้อมูลเหล่านี้ รองพื้นที่มีเกี่ยวกับ 20 นิวคลีโอไทด์ และเสริมลำดับที่ใกล้ที่สุดของดีเอ็นเอตามลำดับเป็นสังเคราะห์ และใช้แล้วสำหรับลำดับเบสนิวคลีโอถัดไปไม่กี่ร้อยไทด์ของดีเอ็นเอโคลน ขั้นตอนนี้ซ้ำจนกว่าจะกำหนดลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ของดีเอ็นเอโคลน