พื้นผิวแก้วขนาดเล็กที่มีกำหนดเป็นอาร์เรย์ของดีเอ็นเอ fragments แต่ละสถานที่กำหนด A ปกติดีเอ็นเอชิปจะประกอบด้วย 10 000 จุดแยกกัน (แต่ละที่ประกอบด้วยดีเอ็นเอส่วนอื่น) ในพื้นที่ของหน่วยพื้นที่เพียงไม่กี่เซนติเมตร เมื่อบางส่วนของโซลูชั่นของดีเอ็นเอ fluorescently มันจะเป็นการชิพการ จุดที่เกิด hybridization ปรากฏเป็น fluorescence ถ้าจุดบนชิป ยีน (แสดงลำดับแท็ก q.v.), hybridization กับ cDNA จากเนื้อเยื่อเฉพาะแสดงยีนที่จะแสดงอยู่ในเนื้อเยื่อที่ ถ้าจุดสั้น สังเคราะห์ oligonucleotides (ประมาณ 25 ฐาน) ที่สอดคล้องเพื่อเป็นส่วนหนึ่งของยีนประกอบด้วย polymorphisms นิวคลีโอไทด์เดี่ยว (SNP)(q.v.) มีจุดแยกต่างหากสำหรับแต่ละฐานได้ที่เว็บไซต์ hybridization กับ genomic DNA จากพืชแต่ละตัวหรือช่วยสัตว์ที่ละเป็น genotyped ที่เป็นหลาย loci SNP เป็นจะแสดงบนชิป 4 ขนาดใหญ่ ประโยชน์ของดีเอ็นเอชิปคือ ขอบเขตที่ genotyping กระบวนการสามารถเป็นแบบอัตโนมัติ การเปิดใช้งานตัวเลขขนาดใหญ่ของพืชหรือสัตว์จะ genotyped จำนวน loci ใหญ่จึง