เทคนิคที่ช่วยให้สองส่วนของดีเอ็นเอแบบสองทางที่จะถูกคั่น ด้วยพันฐานคู่ (ประมาณ 200 kb) จะถูกโคลนด้วยกัน หลังจากย่อยโคลน แต่ละเซ็กเมนต์สามารถใช้เป็นโพรบที่ระบุโคลน DNA ลำดับที่ ระดับโครโมโซม คร่าวห่างกัน 200 kb