เทคนิคที่ระบุดีเอ็นเอโคลนที่ทับซ้อนกัน fragments ที่แบบฟอร์มต่อเนื่องส่วนหนึ่งของโครโมโซม ชิ้นส่วนเหล่านี้สามารถสร้างขึ้น โดยการสุ่มตัด หรือย่อยอาหารบางส่วนด้วยเครื่องตัด 4 ฐานคู่เช่นเซา 3A Hybridizations ของอาณานิคมแล้วดำเนิน เริ่มต้นกับบางส่วนโคลนซึ่งมีอยู่แล้วการระบุ และที่มีชื่อเสียงในภูมิภาคผ่าน โดยโคลนทับซ้อนกัน ส่วนนี้ระบุถูกใช้เป็นโพรบควัก clones ประกอบด้วยลำดับติดกัน เหล่านี้จะใช้เป็น probes เองแล้วระบุโคลนติดไปลำดับการถือครองและการ ในแต่ละรอบของการ hybridization หนึ่ง "เดิน" เพิ่มเติมตามโครโมโซมจากส่วนเริ่มต้น