ลำดับนิวคลีโอไทด์ - ส่วนประกอบโดยทั่วไปของนิวคลีโอ 4, 6 หรือ 8 ไทด์ - ที่รู้จักโดย และที่ ที่ binds endonuclease จำกัด (เอนไซม์จำกัด) สำหรับชนิดเอนไซม์จำกัด II (ที่ใช้ในการทดลองการโคลนยีน) เป็นลำดับซึ่งเอนไซม์ตัดโดยเฉพาะ (และเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องการ methylate) ดีเอ็นเอ เช่น สำหรับเอนไซม์ชนิด II การไซต์และไซต์เป้าหมายเป็นลำดับเดียวกัน พิมพ์ฉันเอนไซม์ผูกไปการรับรู้ของพวกเขาแล้ว cleave ดีเอ็นเอที่ตำแหน่งบางน้อยสุ่มอยู่ภายนอกไซต์ที่รู้