Paraan upang paghiwalayin ang DNA o proteins sa pamamagitan ng binabago ang ph sa loob ng isang gel. Bilang ang mga molecule migrate sa electric field, sila nakatagpo denaturing kondisyon, na mabagal down ang kanilang mga kadaliang mapakilos. Iba't ibang molecule tumugon naiiba sa denaturation sa kalagayan at samakatuwid ay tumugon sa isang iba't ibang kalubhaan ng denaturant (na nagreresulta sa isang pagkawala ng kadaliang mapakilos sa isang iba't ibang mga punto sa gel).