Uzun sıralama yöntemi (> 1 kb) klonlanmış DNA parçaları. İlk sıralama reaksiyon klonlanmış DNA'ın ilk birkaç yüz nükleotid dizisi ortaya koymaktadır. Bu veriler temelinde içeren 20 nükleotit ilgili ve tamamlayıcı bir diziye sıralı DNA sonuna yakın bir astar sentezlenir ve ardından sonraki birkaç yüz nükleotit klonlanmış DNA Sekanslama için kullanılır. Klonlanmış DNA'sının tam nükleotid dizisi belirlenir kadar bu işlem tekrarlanır.