Çakışan klonlanmış DNA tanımlayan bir teknik bu formu bir sürekli kesimin bir kromozom parçaları. Bu parçaları rasgele kesme veya kısmi sindirim Sau 3A gibi dört temel çift kesici ile tarafından oluşturulabilir. Koloni bir dizi hybridizations sonra gerçekleştirilir, hangi zaten belirlenmiştir ve hangi tarafından örtüşen klonlar kapsıyor bölge içinde olduğu bilinmektedir klonlanmış bir parça ile başlayan. Saptanan bu parçası dışarı almak için bir sonda bitişik dizileri içeren klonlar kullanılır. Bunlar sonra kendilerini sondalar gibi dizileri için bitişik ve benzeri taşıma klonlar tanımlamak için kullanılır. Her turda hibridizasyon biri "yürümek" daha da kromozom boyunca ilk parçası üzerinden .