Bir tip II kısıtlama benzersiz olarak bu enzim tarafından tanınan dört nükleotit çiftlerinin dizisini içeren sitelerde DNA bağlar (ve daha sonra cleaves) endonükleaz. Dört baz bir dizi daha sık altı üslerinin herhangi bir sıra daha şans tarafından oluştuğundan, dört temel kesiciler daha sık daha altı Bankası kesiciler yapmak ayırmak. Böylece , dört temel kesiciler altı Bankası kesiciler daha küçük parçaları oluşturmak.