Bir tip II kısıtlama benzersiz olarak bu enzim tarafından tanınan altı nükleotit çiftlerinin dizisini içeren sitelerde DNA bağlar (ve daha sonra cleaves) endonükleaz. Altı üslerinin herhangi bir sıra daha az sıklıkla dört baz bir dizi daha şans tarafından oluştuğundan, altı-base kesiciler dört temel kesiciler daha az sıklıkta ayırmak. Böylece , altı-base kesiciler dört temel kesiciler daha büyük parçaları oluşturmak.