Метод, який дозволяє два сегменти дуплексний ДНК, що відокремлені тисячі пар основ (близько 200 Кб) будуть клоновані разом. Після суб клонування, кожен сегмент може використовуватися як зонд для визначення клонованих послідовності ДНК, які, на рівні хромосоми, грубо 200 Кб один від одного.