Порівняння розташувань на мапах генів між видами. Результати цих порівняння показують істотне збереження блоків генів, і навіть великі сегменти хромосом між видами. Великий використання може бути виготовлена з цього збереження карту позиції. Наприклад, у разі ссавців, це означає, що якщо гена зіставлена в одному або обох видів інтенсивно зіставлено (люди і мишей), потім ймовірні місця Цей ген в інших ссавців можна передбачити з упевненістю, що значна. І навпаки, якщо зіставлених анонімні ДНК маркера впливає на кількісних риса (що вказує на маркер, пов'язані зі кількісні риса локус (QTL)) в, сказати, великої рогатої худоби, то знання порівняльний карти між великої рогатої худоби і людини можна визначити генів, у гомологічних геном людини, яка могла співпадати з QTL. Такі гени називаються порівняльний позиційні кандидатів гени (q.v.).