Послідовність нуклеотидів - зазвичай складається з нуклеотидів 4, 6 або 8 - який розпізнається, і який пов'язує endonuclease обмеження (обмеження ферменту). Для типу II обмеження ферментів, (ті, що використовуються в експериментах ген клонування) також є послідовність, в рамках якої ферменту спеціально скорочень (та їх відповідні ферменти methylate) ДНК, тобто, для типу II ферментів, визнання сайту і на цільовий сайт є же послідовності. I типу ферментів прив'язати до свого сайту в визнання і потім сколите ДНК у деяких більш-менш випадкові позиції за межами цього сайту в визнання.