Виникнення варіація в довжині ДНК фрагменти, які виробляються після розщеплення з типу II обмеження endonuclease. Відмінності в ДНК довжини є завдяки наявності або відсутності визнання сайт (и) для цієї конкретної обмеження ферменту. RFLPs були спочатку виявлений за допомогою гібридизації з ДНК зондів після сепарації збродженого геномної ДНК Гелевий електрофорез (Південний аналіз). Тепер вони зазвичай виявляються при електрофорезі збродженого ПЛР продукту.