Термін використовується для опису будь-якого процесу або фермент, який діє на визначена послідовність в межах молекули ДНК або РНК. Тип II обмеження ферменти для окремих сайтів endonucleases, і рекомбінація системи закодованих за деякі Транспозони є для окремих сайтів, таких як інтеграція фага в на e. coli хромосом.