Невелику скляну поверхню, до якого була виправлена масив ДНК фрагменти, один із визначених розташування. A типовий ДНК чіп будуть містити 10 000 дискретних плями (кожен з яких містить інший фрагмент ДНК) на площі в декількох квадратних сантиметрів. , Коли рішення флуоресцентної маркується ДНК фрагменти гібридизувати до чипа, плями, до якого відбувається гібридизації відображаються як флуоресценції. Якщо плями на чіпі, генів (висловив послідовності розміщення тегів, q.v.), гібридизації з кДНК від конкретного тканини показує, які гени виражені в цьому тканини. Якщо плями не вистачає, синтезованих випадкових фрагментів (приблизно 25 баз) відповідає ту частину ген, який містить поліморфізм одного нуклеотиду (SNP)(q.v.), з окремих місце для кожного з 4 можливі баз на цьому сайті, гібридизації з геномної ДНК від окремих рослин або тварин дає можливість, що окремі бути genotyped на якомога більше SNP локусів як представлені на чіпі. Велика перевага чіпи ДНК є ступінь, до якої процес генотипування може бути автоматизована, тим самим дозволяючи величезної кількості рослин або тварин, щоб бути genotyped за величезну кількість локусів.