Подвійний одноланцюжкова ДНК молекули або ДНК і РНК hybrid, де кожен strand є різного походження, і як наслідок містять один або більше невідповідність (без додаткових) пар основ. A ДНК дуплекс підготовлений гібридизації одноланцюжкова ДНК молекули походить від двох різних джерел. , Де два ВНУ мають ідентичні або дуже подібні послідовності, рекомбіназа молекула, встановлюється, беручи до уваги, де два ВНУ відрізняються в послідовності, буде залишатися одноланцюжкова регіонів. Heteroduplex будуть виявлені однорядна "кущами" під ДНК спостерігається електрон Мікроскопічно. Карта гомологічних та гомологічних областях з двох молекул тим самим можуть бути побудовані. Цей процес відомий як heteroduplex зіставлення.