Клас ензимів, які деградують молекул ДНК або РНК розколюванням phospho-diester облігації, що посилання суміжних нуклеотидів. В Дезоксирибонуклеаза (DNase), підкладки є ДНК. В endonuclease, він руйнує зв'язок на внутрішні сайти в молекулі підкладки. Екзонуклеазна поступового розщеплює з кінця субстрат молекули. В ribonuclease (буфер для), підкладки є РНК. В S1 Нуклеази, підкладки — одноланцюжкова ДНК або РНК. Топоізомерази мають різну ступінь бази послідовність специфіку, найбільш конкретний час обмеження endonucleases.