Поліморфізм (q.v.) в певний сайт бази в кодування послідовності, наприклад, на базі 306 в окремого гена, одна людина може бути гетерозиготних, за A і g: материнської аллель може мати до A на цьому сайті, батьківській аллель має G на цьому сайті. Цей тип Поліморфізм обширна протягом геном і має велику перевагу, що визначаються без необхідності гелевого електрофорезу, що відкриває шлях для великомасштабних автоматизації генотипування.