Một loại enzyme đặc biệt làm giảm RNA hoặc đơn-stranded DNA để 5´ mononucleotides. Tinh khiết từ sợi nấm Aspergillus oryzae, S ₁ nuclease được sử dụng trong việc đánh giá mức độ lai ghép một phản ứng bằng cách loại bỏ kết khu vực. Nó cũng được sử dụng để loại bỏ kết thúc dính hạn chế mảnh. Trong S ₁ lập bản đồ, vùng mã hóa của một gen được phát hiện bởi thực hiện lai ghép ADN mRNA và loại bỏ kết DNA với S ₁ nuclease.