Vi khuẩn, nấm hoặc tảo vi sinh vật vô tình đưa vào một văn hóa hoặc phương tiện truyền thông văn hóa. Chất gây ô nhiễm có thể mọc che các tế bào thực vật và do đó ức chế tăng trưởng của họ. Làm việc trong các điều kiện aseptic với một loại trừ nghiêm ngặt của chất gây ô nhiễm tiềm năng phải được thực hành trong nền văn hóa mô thực vật.