Một phân đoạn của song ADN chuỗi 5´ để 3´ mà là giống hệt nhau trên mỗi DNA strand. Trình tự là như nhau khi một sợi đọc trái sang phải và strand khác đọc phải-sang-trái. Thông thường, công nhận các trang web cho loại II hạn chế endonucleases là palindromes.