Một bề mặt kính nhỏ mà đã được cố định một loạt các DNA mảnh, mỗi với một vị trí được xác định. A điển hình DNA chip sẽ chứa 10 000 điểm rời rạc (mỗi có một mảnh DNA khác nhau) diện tích chỉ một vài cm vuông. Khi một giải pháp của dán nhãn fluorescently DNA mảnh cặp để chip, điểm mà lai ghép xảy ra có thể nhìn thấy như là huỳnh quang. Nếu điểm trên chip gen (thể hiện trình tự thẻ, cuộc), lai ghép với cDNA từ một mô cụ thể cho thấy mà gen được thể hiện trong đó mô. Nếu các điểm được ngắn, tổng hợp oligonucleotides (khoảng 25 căn cứ) tương ứng với một phần của một gen có một polymorphisms duy nhất nucleotide (SNP)(q.v.), với một vị trí riêng biệt cho mỗi người trong số các cơ sở có thể lúc trang web đó 4, lai ghép ADN gen từ một cá nhân thực vật hoặc động vật cho phép rằng cá nhân để được genotyped lúc càng nhiều SNP loci như được đại diện trên chip. Lớn lợi thế của DNA chip là mức độ mà quá trình của gen có thể được tự động, do đó cho phép các con số rất lớn của thực vật hoặc động vật được genotyped cho một số lớn các loci.