Một kỹ thuật chồng chéo nhân bản ADN nhận dạng mảnh đó một hình thức phân đoạn liên tục của một nhiễm sắc thể. Các mảnh vỡ có thể được tạo ra bởi sự xén lông trừu ngẫu nhiên hoặc bởi một phần tiêu hóa với một cắt bốn cơ sở, cặp như Sau 3A. Một loạt các thuộc địa hybridizations sau đó được thực hiện ra, bắt đầu với một số đoạn nhân bản mà đã được xác định và mà được biết đến là vùng bao phủ bởi các máy nhái chồng chéo. Này mảnh xác định được sử dụng như một thăm dò để chọn ra các nhái có chứa chuỗi liền kề. Này sau đó được sử dụng như đầu dò mình để xác định các máy nhái thực hiện trình tự liền kề với họ và vân vân. Ở mỗi vòng lai ghép một "đi" tiếp tục dọc theo các nhiễm sắc thể từ đoạn đầu tiên.