Các men tiêu hóa được sử dụng để kiểm soát thực phẩm kết cấu, hương vị, xuất hiện, và đến một mức độ nhất định, giá trị dinh dưỡng. Amylase phá vỡ xuống polysaccharides phức tạp để đường simplex; protease tenderize thịt protein. Công nghệ sinh học có thể hỗ trợ sự phát triển của các enzym thực phẩm mới bằng cách tìm hoặc kỹ thuật enzym mà phù hợp tốt hơn với các quá trình mà thực phẩm phải trải qua, như nấu ăn hoặc đóng hộp.