Một loại II hạn chế endonuclease đó liên kết với (và sau đó cleaves) DNA tại các trang web có chứa một chuỗi các bốn nucleotide cặp duy nhất được công nhận bởi enzyme đó. Vì bất kỳ chuỗi bốn căn cứ xảy ra thường xuyên hơn bởi cơ hội hơn bất kỳ thứ tự của sáu cơ sở, dụng cụ cầm tay bốn cơ sở tách thường xuyên hơn so với sáu cơ sở cắt. Do đó, bốn cơ sở dụng cụ cầm tay tạo ra các mảnh vỡ nhỏ hơn so với sáu cơ sở cắt.