Một trình tự axit amin đã được thiết kế vào một protein để làm cho thanh lọc của nó dễ dàng hơn. Này có thể làm việc trong một số cách. Các từ khóa có thể là một protein, liên kết với một số vật liệu khác mà rất chặt chẽ và do đó cho phép các protein để được tinh chế bằng sắc kí ái lực (cuộc). Các từ khóa có thể là một chuỗi axit amin ngắn, được công nhận bởi một kháng thể. Kháng thể nào sau đó liên kết với protein trong khi nó sẽ không có thực hiện vì vậy trước khi. Một ví dụ ngắn peptide, được gọi là cờ, đã được thiết kế để cho nó là đặc biệt dễ dàng để làm cho các kháng thể chống lại nó. Các từ khóa có thể là một vài axit amin, mà sau đó được sử dụng như một thẻ hóa học về protein. Ví dụ, là một chuỗi các axit amin tích cực tính sẽ liên kết rất mạnh mẽ với một bộ lọc tiêu cực điện: điều này có thể được sử dụng như là cơ sở của một hệ thống phân tách. Một số axít amin ràng buộc kim loại rất mạnh mẽ, đặc biệt là trong cặp: đặc tính hóa học này có thể được khai thác bằng cách sử dụng một bộ lọc với các nguyên tử kim loại hóa học liên kết vào nó để kéo một protein ra khỏi một hỗn hợp của protein.