Tỷ lệ giao tử đã phát sinh từ gen giữa hai loci. Nó ước tính số lượng tái tổ hợp cá nhân trong một tập hợp các con cái của một cụ thể giao phối, chia cho tổng số con cái từ đó giao phối. Biểu thị bằng chữ cái Hy Lạp theta (). Liên kết bản đồ được tạo ra từ các ước tính của gen phần giữa tất cả tổ hợp pair-wise loci.