Dãy nucleotide cụ thể trong DNA được chấp nhận bởi một loại II giới hạn endonuclease và trong đó nó làm cho một cắt đôi-stranded. Hạn chế các trang web thường bao gồm bốn hay sáu cặp cơ sở thường được palindromic (cuộc),

ví dụ như, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

hai sợi có thể được cắt hoặc đối diện với nhau, để tạo ra kết thúc cùn, hoặc một cách Le, cho dính thúc, tùy thuộc vào enzym tham gia.