Một loại II hạn chế endonuclease đó liên kết với (và sau đó cleaves) DNA tại các trang web có chứa một chuỗi các sáu nucleotide cặp duy nhất được công nhận bởi enzyme đó. Vì bất kỳ chuỗi sáu căn cứ xảy ra ít thường xuyên bởi cơ hội hơn bất kỳ thứ tự của bốn cơ sở, dụng cụ cầm tay 6-cơ sở tách ít thường xuyên hơn bốn căn cứ cắt. Vì vậy, sáu cơ sở dụng cụ cầm tay tạo ra các mảnh vỡ lớn hơn bốn căn cứ cắt.