核苷酸序列-4、 6 或 8 核苷酸-通常由組成，得到承認，並對限制性內切酶 (限制酶) 綁定的。類型 II 限制酶 （那些用於基因的克隆實驗） 也是的序列內的酵素具體削減 (和其相應的酶 methylate) DNA，即為類型 II 酶識別網站和目標網站是相同的序列。I 型酶將綁定到其識別網站，然後劈成一些更多或更少的隨機位置的識別網站外 DNA。