識別特定的順序，例如，Bam H1 後軍風 DNA 的一類的內切酶 (5´GGATCC3´) 生態 RI (5´GAATTC3´) 和 華欣 dIII (5´AAGCTT3´)。有三種類型的限制性內切酶酶：

類型 i： 削減非具體距離大於 1000 bp 從其識別序列和包含限制和甲基化活動。

類型 II： 削減在或附近短，及經常復發性 (q.v.)，識別序列。A 單獨酶 methylates 相同的識別序列。他們可能在另一個完全相反的兩個去氧核糖核酸子線削減和生成鈍 結束，或他們可能使交錯的削減，以生成粘性末端。II 型限制性內切酶是那些通常是利用重組 DNA 技術中。

III 型： 削減 24-26 bp 下游從短、 不對稱的識別序列。需要 ATP 和包含限制和甲基化的活動。