一類的降低，劈開的連結相鄰核苷酸的磷酸二酯債券的 DNA 或 RNA 分子的酶。在去氧 （頭），基體是 DNA。在核酸內切酶，在基體分子內部網站的軍風。外切逐步軍風從底物分子的末端。在核糖核酸 (核糖核酸)，基體是 RNA。在 S1 核酸酶，基體是單鏈 DNA 或 RNA。核酸酶有不同程度的基地序列特異性，最具體的限制性內切酶。