小玻璃表面的已修复数组的 DNA 片段，每个都有一个已定义位置。A 典型 DNA 芯片将在几个平方厘米的区域中包含 10 000 个离散的点 （每个包含不同的 DNA 片段）。当标签遗传物质 DNA 解片段杂交到芯片，点到的杂交发生荧光的可见。如果在芯片上的斑点是基因 (表达序列标签，q.v.)，从特定组织 cDNA 杂交显示在该组织中的基因表达。如果斑点很短，合成寡核苷酸 (大约 25 基地) 相应的那部分基因包含单核苷酸多态性 (SNP)(q.v.)，有一个单独的 4 可能依据该站点，从个别的植物或动物启用个人要在尽可能多的基因型 SNP 位点作为代表在芯片上的基因组 DNA 杂交的每个点。DNA 芯片 的大优势是对其中的基因分型过程可以实现自动化，从而使大量的植物或动物要大量的基因位点的基因型的程度。