分析方法分离分子按它们的大小。样品放在板的高分子凝胶的一端 ； 跨凝胶电场拉扯分子通过它 ； 更小的分子更容易通过和所以走向另一端更快 ； 各种尺寸的分子最终在不同的立场，根据它们的大小。凝胶由不同的材料。

各种化学品可以包括在凝胶来帮助分离，如洗涤剂十二烷基硫酸钠 (SDS) 蛋白凝胶展开的蛋白质或尿素在 DNA 测序凝胶，在其中展开 DNA。