被设计成一种蛋白质，使其净化更容易的氨基酸序列。这些可以通过多种方式在工作。标记可能是另一种蛋白质，要纯化亲和层析 (q.v.) 将绑定到非常紧密，从而使蛋白质的一些其他材料。标记可能是一个短的氨基酸序列，承认的一种抗体。抗体的然后将绑定到蛋白质而不会如此之前做它。一种短肽，叫旗子，已经过设计，所以，它就特别容易产生抗体来对抗它。标记可能是几个氨基酸，然后用作对蛋白质的化学标记。例如，一个字符串的正电荷氨基酸 非常强烈将绑定到一个负电荷的筛选器： 这可以用作分离系统的基础。几种氨基酸绑定金属非常强烈，尤其是在对： 此化学属性可以被使用与金属原子化学链接放到它上面的筛选器拉出的蛋白质混合物的蛋白质加以利用。