核苷酸序列-4、 6 或 8 核苷酸-通常由组成，得到承认，并对限制性内切酶 (限制酶) 绑定的。类型 II 限制酶 （那些用于基因的克隆实验） 也是的序列内的酵素具体削减 (和其相应的酶 methylate) DNA，即为类型 II 酶识别站点和目标站点是相同的序列。I 型酶将绑定到其识别站点，然后劈成一些更多或更少的随机位置的识别站点外 DNA。