類型二、 限制性內切酶將綁定 （並且隨後軍風） DNA 在包含四個核苷酸對的序列，唯一認可的該酶的網站。因為任何的四個堿基序列更加頻繁地發生的機會比任何序列的六個基地，四個基地刀劈成比做六個基地刀具更頻繁。因此，四個基地刀具創建比六基地刀具的小片段。