分析方法分離分子按它們的大小。樣品放在板的高分子凝膠的一端 ； 跨凝膠電場拉扯分子通過它 ； 更小的分子更容易通過和所以走向另一端更快 ； 各種尺寸的分子最終在不同的立場，根據它們的大小。凝膠由不同的材料。

各種化學品可以包括在凝膠來説明分離，如洗滌劑十二烷基硫酸鈉 (SDS) 蛋白凝膠展開的蛋白質或尿素在 DNA 測序凝膠，在其中展開 DNA。