類型二、 限制性內切酶將綁定 （並且隨後軍風） 網站上包含六個核苷酸對的序列是唯一地識別該酶的 DNA。由於六個基地的任何序列發生頻率較低的機會比任何的四個堿基序列，六個基地刀劈成較少比四個基地刀具。因此，六個基地刀具創建較大的碎片比四基地刀具。