小玻璃表面的已修復陣列的 DNA 片段，每個都有一個已定義位置。A 典型 DNA 晶片將在幾個平方釐米的區域中包含 10 000 個離散的點 （每個包含不同的 DNA 片段）。當標籤遺傳物質 DNA 解片段雜交到晶片，點到的雜交發生螢光的可見。如果在晶片上的斑點是基因 (表達序列標籤，q.v.)，從特定組織 cDNA 雜交顯示在該組織中的基因表達。如果斑點很短，合成寡核苷酸 (大約 25 基地) 相應的那部分基因包含單核苷酸多態性 (SNP)(q.v.)，有一個單獨的點 4 可能依據在該網站、 從個別植物或動物的基因組 DNA 雜交的每個啟用個人要在盡可能多的基因型 SNP 位點作為代表在晶片上。DNA 晶片 的大優勢是對其中的基因分型過程可以實現自動化，從而使大量的植物或動物要大量的基因位點的基因型的程度。