被設計成一種蛋白質，使其淨化更容易的氨基酸序列。這些可以通過多種方式在工作。標記可能是另一種蛋白質，要純化親和層析 (q.v.) 將綁定到非常緊密，從而使蛋白質的一些其他材料。標記可能是一個短的氨基酸序列，承認的一種抗體。抗體的然後將綁定到蛋白質而不會如此之前做它。一種短肽，叫旗子，已經過設計，所以，它就特別容易產生抗體來對抗它。標記可能是幾個氨基酸，然後用作對蛋白質的化學標記。例如，一個字串的正電荷氨基酸 非常強烈將綁定到一個負電荷的篩選器： 這可以用作分離系統的基礎。幾種氨基酸綁定金屬非常強烈，尤其是在對： 此化學屬性可以被使用與金屬原子化學連結放到它上面的篩選器拉出的蛋白質混合物的蛋白質加以利用。